Desa Sidorejo adalah bagian dari Wilayah Kecamatan Penajam Kabupaten Penajam Paser Utara yang merupakan Daerah Transmigrasi pada tahun 1957/1958 yang berbasis pertanian. Desa Sidorejo semula adalah bagian dari wilayah Kelurahan Petung. Nama Sidorejo dahulu adalah Kedung Rejo. Arti dari Kedung adalah genangan atau kolam karena dahulu wilayah ini merupakan daerah rawa, sedangkan Rejo berarti ramai.

Pada Tahun 2010 tepatnya tanggal 08 Februari 2010 Desa Sidorejo dimekarkan dari wilayah Kelurahan Petung ditetapkan dengan Peraturan Daerah Kabupaten Penajam Paser Utara Nomor 5 Tahun 2010 tentang Pembentukan Desa Sidorejo di Kecamatan Penajam. Dengan ini Desa yang semula  bernama Kedung Rejo telah berdiri sendiri menjadi Desa yang bernama Sidorejo yang berarti “Jadi Ramai” dengan harapan dikemudian hari menjadi Desa yang ramai, makmur dan berkembang. Adapun Nama Kedung Rejo sekarang diabadikan menjadi nama Dusun yang ada di Desa Sidorejo yaitu Dusun Kedung Rejo I dan Dusun Kedung Rejo II.